Тагнуулын ерөнхий газрын Мөрдөн шалгах газар нь ДЯЯ-ны сайдын 1939 оны 6 дугаар сарын 16-ны өдрийн 229 тоот тушаалаар үүсэн байгуулагдаж, мөрдөн байцаалтын ажилд гарсан алдаа, дутагдлыг засч сайжруулах зорилгоор өмнө нь шийдвэрлэгдсэн буюу мөрдөн байцаалтад байгаа харьяаллын хэргүүдийг шалгаж, ДЯЯ-ны дэргэдэх Тусгай комиссын хурлаар хэлэлцүүлэн хэрэгтнийг холбогдолгүй болгон суллах, оногдуулсан ялыг нь хөнгөрүүлэх зэргээр алдаа завхралуудыг засч эхэлснээр цагаатгах ажлын эхлэл тавигджээ.

1939-1945 онуудад Онц бүрэн эрхт комисс болон Тусгай комиссын тогтоолоор хорих ял шийтгүүлсэн 2015 хүний хэрэгт мөрдөн шалгах ажиллагаа явуулж, төрийн эсрэг гэмт хэрэгт холбогдолгүй болохыг тогтоож, цагаатгасан.

МАХН-ын Төв хорооны 1956 оны 4 дүгээр сарын бүгд хурлаар ЗХУКН-ын 20 дугаар их хурлын шийдвэр, МАХН-ын Төв Хорооны Улс төрийн товчооны илтгэлийг хэлэлцэж, нэг хүнийг тахин шүтсэний улмаас хувьсгалт хуулийг зөрчин улсын зарим байгууллагыг намын хяналтаас гаргахад хүрч байсныг тэмдэглэж, нарийвчлан шалгахаар шийдвэрлэжээ.

Уг тогтоолыг үндэслэн МАХН-ын Төв Хорооны Улс төрийн товчооны 1957 оны 5 дугаар сарын 08-ны өдрийн 2 дугаар тогтоолоор ДЯЯ-наас 1933-1947 он хүртэлх хугацаанд улс төрийн томоохон хэргүүдийг хянан үзэж, хэргийн боловсруулалт, байцаалт, таслан шийдвэрлэлтийн талаар гаргасан алдаа, завхрал, түүний хэлбэрүүдийг илрүүлэн үнэн зөвөөр дүгнэх, Гэндэн, Дэмид нарын талаар гаргасан Намын төв хорооны шийдвэр, мөн Гэндэн, Дэмид нарын хэрэгт холбогдсон 14 хүний хэрэг, түүнээс хойш баригдсан зарим хэрэгтний материалуудтай танилцаж, хувьсгалын эсэргүү хэрэгт баривчлагдсан бүх хүмүүсийн хэргийг нягтлан шалгаж тэдний дотроос чухам хэн нь үнэхээр эх орноосоо урвасан, хувьсгалын эсэргүү, ардын дайсан ба хэн нь дайсан этгээдэд гүтгэгдээд хилс ташаа шийтгэгдсэнийг нэгд нэгэнгүй нягтлан шинжилж, алдаа мадаггүй нарийн нягт шалгахын тулд Цэрэг ба НАХЯ-ны дэргэд Шалгах хэлтсийг 3 тасаг 22 хүний бүрэлдэхүүнтэй байгуулж, даргаар нь Б.Дугарыг томилсон.

Шалгах хэлтэс нь 1957 оноос 1962 оны 2 дугаар сар хүртэл ажиллахдаа нийт 566 хүнд холбогдох хэрэгт мөрдөн шалгах ажиллагаа явуулж 530 хүнд холбогдох хэргийг цагаатгаж, 36 хүнд холбогдох хэргийг цагаатгах үндэслэл тогтоогдоогүй тул хэрэгсэхгүй болгон шийдвэрлэжээ.

МАХН-ын Төв Хорооны Улс Төрийн Товчоо 1962 оны 2 дугаар сарын 08-ны өдрийн 4 дүгээр тогтоолоор Ардын Их Хурлын Тэргүүлэгчдийн дэргэдэх Цагаатгах ажлыг эрхлэх комиссыг татан буулгаж, хувьсгалын эсэргүү японы тагнуулын хэрэгт шийтгэгдсэн хүмүүсийн хэргийг хүн нэг бүр дээр шалгаж байхын тулд Шалгах хэлтсийг НАХЯ-ны дэргэд хэвээр үлдээж, МАХН-ын Төв Хороо, СнЗ-ийн хамтарсан хурлын 1962 оны 10 дугаар сарын 06-ны өдрийн 15/516 дугаар тогтоолоор НАХЯ-ны Шалгах хэлтсийг Мөрдөн байцаах хэлтэс болгон өөрчилж, төрийн эсрэг гэмт хэрэгт мөрдөн байцаалт явуулах, НАХЯ-ны ажилтнуудын гүйцэтгэх ажилтай холбоотой элдэв үйлдлийг шалгах, улс төрийн хэрэгт холбогдсон зарим хүмүүсийн хэргийг Монгол Улсын Эрүүгийн байцаан шийтгэх хуулийн 376, 377 дугаар зүйлийг баримтлан шинээр илэрсэн нөхцөл байдлаар шалгах үүрэг хүлээлгэсэн.

Мөрдөн байцаах хэлтсийн цагаатгалын тасаг 1962-1988 онд нийт 244 хүнд холбогдох хэрэгт мөрдөн шалгах ажиллагаа явуулж, 128 хүнд холбогдох хэргийг хилс болохыг тогтоож цагаатгуулсан бөгөөд 1988 онд хуралдсан МАХН-ын Төв Хорооны 5 дугаар Бүгд хурлаар 1930-1940-өөд оны улс төрийн хэлмэгдүүлэлтийн асуудлыг дахин шалгаж үзэх, иргэдийн шаардлага хүсэлтийг харгалзан хэлмэгдэгсдийг цагаатгах ажлыг дахин сэргээн эхлүүлэхээр болсон. Үүнийг хэрэгжүүлэхийн тулд МАХН-ын Төв Хорооны 1989 оны 1 дүгээр сарын 16-ны өдрийн шийдвэр гарч, 1930-1940-өөд оны “хувьсгалын эсэргүү, Японы тагнуулын бүлэг, түүний идэвхтэй гишүүний үлдэгдэл хэрэг” гэгчид шийтгэгсдийн асуудлыг шинэ нөхцөл байдлаар дахин шалгах ажлыг эхлүүлсэн билээ.

Мөрдөн байцаах хэлтсийн цагаатгалын тасаг нь Монгол Улсын Ерөнхийлөгчийн  1990 оны 12 дугаар сарын 25-ны өдрийн 56 дугаар зарлигийн дагуу Онц бүрэн эрхт болон Тусгай комиссоор шийтгэгсдийг нэрсийн жагсаалтаар, бусад хүмүүсийн хэргийг өргөдлийн дагуу шалгах болсон.

БНМАУ-ын Ерөнхий прокурор, Улсын Дээд шүүх, УАБХЕГ-ын дарга нарын 1991 оны 10 дугаар сарын 28-ны өдрийн хамтарсан тушаалаар Онц бүрэн эрхт комиссоор шийтгэгдсэн хүмүүсийн хэргийг шалгаж, цагаатгах ажлыг шуурхай болгохын тулд хялбаршуулсан журам батлуулан хэрэгжүүлж, 1990-1997 онд 23,900 хүнд холбогдох хэрэгт мөрдөн шалгах ажиллагаа явуулж, шийдвэрлэсэн.

Улс төрийн хилс хэрэгт хэлмэгдэгчдийг цагаатгах, тэдэнд нөхөх олговор олгох тухай хууль 1998 онд батлагдан гарснаар улс төрийн хилс хэрэгт хэлмэгдэгчдийг цагаатгах, нэр төрийг нь сэргээх, тэдэнд нэг удаагийн нөхөх олговор олгох, улс төрийн хэлмэгдүүлэлтийн бусад үр дагаврыг арилгахтай холбогдсон харилцааг зохицуулах эрх зүйн үндэс бий болж, хуулийн үйлчлэх хүрээг хуульчлан тогтоож өгснөөр тагнуулын байгууллагаас улс төрийн хилс хэрэгт шийтгэгдсэн хүмүүст холбогдох хэргийг шалгаж, 1939 оноос өнөөдрийг хүртэлх хугацаанд нийт 31654 хүнд холбогдох 10264 хэргийг цагаатгаж, тэдний нэр төрийг сэргээж, 16 тэрбум 426 сая төгрөгийн нөхөх олговор, орон сууц түүнтэй дүйцэх мөнгөн олговор 3 тэрбум 50 сая төгрөгийг олгуулсан.

Мөн улс төрийн хилс хэрэгт хэлмэгдэгсдийг цагаатгах ажлын чиглэлээр төрөөс хэрэгжүүлж буй бодлого, хөтөлбөр, төсөл, санал боловсруулахад тухай бүр идэвх санаачилгатай оролцож, Цагаатгалын хуульд нэмэлт өөрчлөлт оруулсан 6 удаагийн ажлын хэсэгт орж ажиллан МУ-ын ҮАБЗ-ийн зөвлөмж, түүнийг хэрэгжүүлэх төлөвлөгөө, Цагаатгах ажлыг удирдан зохион байгуулах улсын комиссын төлөвлөгөө, зорилтыг үйл ажиллагаандаа хэрэгжүүлэн ажиллаж ирлээ.

Мөрдөн шалгах газар нь Улс төрийн хилс хэрэгт хэлмэгдэгчдийг цагаатгах, тэдэнд нөхөх олговор олгох тухай хуулийн гомдол хянан шийдвэрлэх тухай 7 дугаар зүйлд зааснаар Улсын ерөнхий прокурорын газраас шинээр илэрсэн нөхцөл байдлаар үүсгэн ирүүлсэн хэрэгт Монгол Улсын Эрүүгийн хэрэг хянан шийдвэрлэх тухай хуульд заасан журмаар мөрдөн байцаалтын ажиллагаа явуулж, хуульд заасан хугацаанд шийдвэрлэж байна.  

Мөн Монгол Улсын Үндэсний Аюулгүй байдлын зөвлөлийн 2014 оны 12 дугаар сарын 25-ны өдрийн 56/39 дүгээр зөвлөмжид заасан ТЕГ-ын Тусгай архив, орон нутгийн архивт хадгалагдаж байгаа өмнө шалгагдаагүй байсан төрийн эсрэг эрүүгийн хэргүүд болон хилс хэрэгт хэлмэгдсэн болох нь нотлогдоогүй үндэслэлээр шалгах ажиллагааг зогсоосон хэргүүдийг шалгаж шийдвэрлэх эрх зүй, эдийн засгийн боломж нөхцөл бүрдэж, дээрх хэргүүдийг шалгаж шийдвэрлэх ажил үргэлжилж байна.